Подскажите, пожалуйста, можно с шенгеном , выданным Францией( там были в августе), полететь теперь в Германию( из Москвы) ?

Можно, если уже были по этой визе во Франции. Приготовьте обратные билеты, страховку европейской страховой компании и подтверждение места проживания (бронь отеля или приглашение в свободной форме от того, кого намерены посетить)