Подскажите, пожалуйста, есть ли разница как платить за платные дороги в Италии? Наличкой или по карте?

Нет разницы, как вам удобно

карты не везде принимают

У сестры были проблемы с картой, запаситесь наличными всякий случай. Ну или потом можно оплатить по чеку через интернет, на чеке будет вся информация.