В РФ визу получили венгерскую и соответственно летим в Будапешт, но хотим посетить еще Австрию и уже из Вены вернутся в РФ. Не возникнет ли сложностей?

Если такой маршрут заявляли при подаче - точно проблем не будет. Если не заявляли - то маловероятно что будут.

Шенген вам даёт право находится на территории шенгена без проблем в период действия шенгена. Поэтому летайте куда хотите😂😁