Подскажите пожалуйста, Если обратный рейс с Бали в 00:55 т.е. 55 минут лишних 31-го дня (виза разовая 30-дневная) будем находиться в Индонезии, это может быть проблемой?

когда ваш рейс не имеет значения. имеет значение в какое время и дату вы пройдете паспортный контроль в обратную сторону. проходите его в нужную дату. до 23-59 есть куча времени. т.е. если самолет в 0-55 вы всяко приедете в аэропорт за 2-3 часа до этого чтобы избежать штрафа за оверстей