Подскажите, если, имея постоянный вид на жительство, выезжаешь/въезжаешь через границу Литвы с 3-й страной и отсутствуешь в Литве более 6 месяцев, то "увидит" ли это миграция, и будет ли это поводом аннулировать вид на жительство?

Вроде как скоро должны ввести систему обмена пограничными данным между странами ЕС - тогда будет видно. Из стран не из ЕС - разве что по штампам, если дойдет дело до проверки

Конечно увидит, может не сразу, но по печатям в паспорте можно будет спокойно посчитать количество дней

Нет, до 12 месяцев с постоянным можно отсутствовать