Читаю, что для граждан РФ ограничение на вывоз валюты 100 тыс йен.

это логично, потому что насколько я понимаю в документах говорится о санкциях в отношении экспорта «means of payment» в Россию, поэтому как я это представляю - да, с паспортом РФ Вы же можете жить не обязательно в РФ, и поэтому вылетая в Тай на вас санкции не действуют, кстати так обходятся иногда некоторые другие ограничения ;)

Не действует ограничение в этом случае