Может сам прилететь 16 летний мальчик гражданин РФ из Кыргызстана в Москву без согласия родителей без сопровождения??

Нет

Нужно нотариально заверенное согласие родителей

По России наш летал без согласия и сопровождения, паспорт же есть и билет за полную стоимость. Но в вашем случае пересечение границы ведь. Лучше в авиакомпании хотя бы уточнить

Право гражданина РФ на возвращение в РФ безусловно (ст.2 114-ФЗ О порядке выезда из РФ и въезда в РФ). Сопровождающие в 16 лет не обязательны.

Согласие нужно только на выезд из РФ.