Подскажите сейчас можно подаваться на португальскую туристическую визу с 5 летним паспортом?

Похоже, уже бессмысленно. С 12.10 должна быть запущена электронная система въезда-выезда (EES). Пишут про переходный период в 6 месяцев, но, скорее, это к вновь выдаваемым разрешениям на въезд не относится.

Да, я получила в конце августа. Но могут быть проблемы при транзите через Францию и Данию, т.к. из Москвы предлагают такие пересадки, а эти страны не обслуживают 5летние паспорта. Вроде для транзита и можно с 5летним, но как на деле, неясно

Можно.