Подскажите пожалуйста, я гражданка России, мой мужчина гражданин Литвы, предлагает зарегистрировать брак в костёле, в Литве, запишут нас,я не католичка и будет ли брак считаться действителен на территории РФ?

Брак можно зарегистрировать в костеле с одновременной подачей документов на регистрацию брака в Центр регистрации, если этого не сделать, то официально брак не будет признан ни в Литве, ни в России. Что Вы имеете в виду под одним вероисповеданием? Один из будущих супругов должен быть католиком, а второй может быть и православным. Такую пару обвенчают в костёле.

@Dmitry: Может и так, с какими-нибудь разрешениями/условиями, в любом случае, такой брак не будет признан официальным

Не должно быть одного вероисповедание. В католичестве не требуется. Главное оба христиане. У меня отец православный был мама католичка, их в костёле зарегистрировали. А вот наоборот в православном храме нужно, чтобы оба были одной веры.