Порекомендуйте пожалуйста места, куда можно сходить в Киото в плохую погоду? Есть ли что-то интересное такое для посещения в крытых помещениях?

Музеи. Магазины. Что именно вам интересно сказать сложно. Можно до Осаки доехать (в поездах тоже сухо) и сходить в кайюкан.

А здании Ace Hotel Kyoto были?

https://maps.app.goo.gl/An9inpHMh7acrQqM6

Там много всего интересного, если хочется пошопиться (ну и не только)

- Stumptown Coffee Roasters

- BEAMS JAPAN KYOTO

- TRAVELER'S FACTORY KYOTO

- Pilgrim Surf+Supply KYOTO

И в центре Там относительно недалеко Kyo Karucha Cafe —

https://maps.app.goo.gl/cHdFRFiLnESPhahA7

Делают тортики в форме куска сыра и мышкой) Itoya Store тоже в Киото есть, по канцелярке, но прямо на станции Киото, у Киотской башни. В Токио он интереснее — https://maps.app.goo.gl/2hCsTZ8GePVnHQmn9

Музей бамбука глубоко на окраине и многое, что стоит у него посмотреть, если интересно, на улице — https://maps.app.goo.gl/FCNLNk2XHqHYx5mz6 Атмосферный ресторан KASUMI, с небольшим ср. чеком —

https://maps.app.goo.gl/UD2qx46FdbM6eFMZ8

Sushi Kizaemon —

https://maps.app.goo.gl/SuvaHcYgWcS2Ptey5

Starbucks Coffee - Kyoto Nineizaka Yasaka Chaya (Старбакс в историческом чайном доме) —

https://maps.app.goo.gl/67FFUx8zXcC9cYKf8

Улицы в этом районе не нуждаются в представлении.

Там же по пути до магазина Гибли —

https://maps.app.goo.gl/e5AVYEWAR69Z1mJX8

Из достопримечательностей можно сходить в замок Нидзо, Сандзюсангендо и другие храмы, где много переходов: Эйкан-до, Тенрю-дзи