Мы получили визы в Кению, съездили на сафари, потом летим на занзибар, потом обратно через Кению в Москву. Но в Кении у нас ночь во время пересадки, поедем в отел. Еще раз визу получать?

Нет, в этом случае вам не нужна другая виза.

Нет, можно сколько угодно раз въезжать в рамках срока действия eTA, если не было выезда за пределы восточно-африканского союза.

Нет. Вы не покидаете кольцо стран Восточной Африки