Подскажите, пожалуйста, выгоднее евро или доллары менять в Токио на йены?

Формально - доллары. Но если у вас на руках уже Евро - смысла их менять на доллары и ехать с долларами нет.

Плюс зависит от того, по какому курсу вы покупали USD или EUR, может вы Евро 5 лет назад брали по низкому курсу.

Ну это я так, для примера