А может ли быть отказ в визе в Японию, если в анкете один адрес, а в паспорте прописка другая? (Тупанула и в анкете написала адрес проживания).

Нет. У меня так же.

Там именно место проживания, а не прописка. Прописку они и в ксерокопии паспорта увидят.

Так в анкете можно оба адреса написать, это не ошибка