Подскажите, пожалуйста, если я влетаю в Гонконг из Москвы одной авиакомпанией, а улетаю из Гонконга в Японию через 3 дня другой авиакомпанией виза все равно не нужна?

Гонконг не имеет таких же правил въезда как материковый Китай.

Совершенно неважно как вы въезжаете в ГК и куда после этого едете. Вы просто получаете 14 дней безвиза и всё.