Подскажите, у кого-то было такое, что Букинг не может списать оплату за бронь с карты в Греции?

Причин масса может быть. Карта банка под санкциями, выставлены ограничения по карте (гео или на сумму), сбой системы, нет денег на карте )) короче, проверяйте карту