Подскажите пожалуйста, жена взяла билеты до Калининграда из Адлера. А можно ли в сторону Литвы оттуда пешком перейти если есть Шенген и ВНЖ Латвии?

Из Калининграда нельзя, только из Чернышевского.

С шенгеном нельзя, если он не литовский, а вот с ВНЖ Латвии - без проблем.

Не из Калининграда, а через 2 погранпункта: Советск и Чернышнвское. До обоих или такси (частник, есть телефоны) из аэропорта, или автобусом с Калининграда.