Вопрос. Можно ли из Малайзии вылететь по второму паспорту РФ, если был влет по первому (пока в эмиграции по студ пасс ) Но есть документ подтверждающий, что визу делают на первый паспорт, он действителен 30 дней

я бы так не делал, вылететь то по второму вы можете, но обычно это делают если первый заменен или утрачен, а если вы по одному паспорту будете делать визу а по второму пересекать границу, это может быть воспринятно не так как хочется

Тут нельзя иметь 2 паспорта, они не понимают это. Поэтому возможны проблемы потом по въезде. Да и по выезде тоже если авто гейт не сработает.