Подскажите если лететь в армению, в ереван - пограничный контроль нужно проходить? И можно ли только по внутреннему паспорту заехать?

Нужно.

Погранконтроль проходится в обязательном порядке.

Вылетать из РФ и влетать в Армению можно как по внутреннему паспорту РФ, так и по загранпаспорту РФ.

Проще по внутреннему - никакие печати не ставятся