Если после Японии я лечу не в Россию, а продолжаю путешествие и лечу, к примеру, в Сеул, я могу распечатать пакет с товаром, купленным по такс фри? Главное же - вывезти его запечатанным из Японии?

Конечно.

смотря что там у вас. Обычно это никто не проверяет. Все вскрывают , едят, пьют и пользуются практически сразу

Ну и пакуют, как удобней, иногда по разным чемоданам или выбрасывая верхние упаковки.