Подскажите пожалуйста, если в паспорте уже есть виза x2 можно ли полететь в Китай на 6 дней и получить транзитную визу или визу x2 зачеркнут?

Конечно. Вы когда сдадите в консульство паспорт, для получения транзитной визы, вам аннулируют имеющуюся визу.

По безвизовому транзиту можно (это с перелетом в третью страну), попросите не гасить визу.