Подскажите пожалуйста, кто-нибудь летал с двумя загранпаспортами?

А за что вас арестовывать? Вы можете показать в стране транзита любые документы (ВНЖ, ПМЖ, паспорта с визами или без), позволяющие вам въехать в Португалию.

Другое дело, что на паспортном контроле в РФ вас могут спросить о полном маршруте и попросить предъявить документы, позволяющие этот маршрут осуществить. И тут с украинским паспортом могут быть проблемы. Могут, конечно, и не спросить, но тут лотерея. Или если вы летите в Турцию, к примеру, и удачно проходите автоматический паспортный контроль, то вопросов задавать некому.