Подскажите пожалуйста, если мне дали визу Японии на 15 дней, то день прилета и отлета считаются ? Или я допустим могу вылететь на 16 день?

Считается. Считается со дня когда вы прилетели, а не сели в самолёт в своём городе.

День прилёта и отлёта считаются за один день. Так что при визе на 15 суток можно спокойно вылетать на 16й день.

На днях звонили в консульство, день прилета не считается

Они сказали «если прилетаете 1 августа, улететь можете 16