Подскажите пожалуйста, ночная пересадка на автобус в Таллине с 00:00 до 04 утра, можно переждать внутри здания на автовокзале?

Автовокзал открывается в 6:00 ..

Можно.

Да, официально есть режим работы. Но ночью, деверь со стороны платформы, открыта.

Можно сидеть, ждать.