Подскажите, пожалуйста, если возвращаться из Испании в Россию через Кёльн есть ли проблемы с выходом в город?

А из Кельна вы же не в рф. И в Кельн - внутри шенгена. Есть человеческий фактор. Но имейте билеты дальнейшие. Вряд ли возникнет проблема.