Подскажите, если получить ВНЖ Казахстана гражданину РФ, при пересечении границы оно обнуляется?

нет, при прохождение пограничников его необходимо предоставить вместе с паспортом РФ

нет конечно)

как оно обнулится,если у вас с ВНЖ постоянная регистрация в РК?

Его могут вам не продлить,если будете находиться в РК менее 183 дня в последовательный 12-ти месячный период (за исключением этнических казахов,и иностранных женщин замужем за гражданина РК)