Подскажите, где то слышала, есть в России программа, туда можно вносить свое авто, кладёшь деньги на счёт и получается какая то скидка по проезду по платной дороге.

автодор)

но нужен транспондер, надо по нему ездить, за проезды копятся баллы, за баллы покупается скидка

Если правильно Вас понял. То Автодор приложение. И транспондер нужно купить, его зарегистрировать и пополнить счёт.