С точки зрения закона - разрешено вывозить только «сумму на личные нужды», которая определяется индивидуально - вне зависимости от того, как именно вы собираетесь вывозить их в Россию, через сколько пересадок
На практике именно на Кипре на это смотрят «спустя рукава».
Возможно, если вы возьмете декларацию, заполните её, укажете, что конечный пункт вашего следования - Россия, и пойдете с этой декларацией, Российским паспортом и посадочным/билетом до России из вашей точки пересадки через красный коридор к таможеннику ставить печать, то он, премного изумившись, и решит изучить, не имеет ли смысла ваши евро изъять. И то не факт.
Но поскольку самоотверженных личностей, желающих провести такой эксперимент, пока не нашлось, никто вам не расскажет, чем он закончится
Если вы просто везете с собой до 10 тысяч евро без декларации и идете через зеленый коридор, с вероятностью 99.9% вас никто ничего не спросит
И всё.
В Германии например периодически изымают достаточно крупные суммы евро, когда человек летит с пересадкой в Турции в Россию, например (есть даже решения судов). На Кипре о таких прецедентах неизвестно.
