Подскажите, на визу Кипра можно только в Москве подать или в каких то городах тоже?

Город подачи зависит от региона вашей регистрации в РФ. Москва, Санкт-Петербург, Екатеринбург, Краснодар

Подается в консульство по месту жительству. Москва очень строго сейчас принимает. По прописке и через СДЭК из тех регионов, которые к нему относятся.