Для того, чтобы въехать в РФ по внутреннему паспорту РФ через Ереван. Обязательно брать раздельные билеты или единый Барселона - Ереван - СПб тоже норм? Второй билет обязательно покупать на внутренний паспорт РФ?

Нет, можно и внутри России по загран путешествовать.

Если вы хотите вьехать в РФ именно по общегражданскому паспорту, тогда берите билеты раздельные на разные паспорта. Вам придется в Ереване получать-сдавать багаж( берите стыковку побольше)

По прилету вы проходите погранконтроль с общегражданским паспортом, получаете/сдаете багаж , регистрируетесь на рейс и проходите погранконтроль опять по общегражданскому паспорту. И все-так у вас будет и по правилам, и так, как вам нужно