В Ташкенте будем 3 дня. Посоветуйте пожалуйста куда стоит съездить - в Самарканд или Бухару? Понимаю, что по-своему все красиво) Но все же...

я бы посоветовал Бухару, но многие со мной не согласятся.

Мне Бухара больше понравилась. Но за три дня можно пройти оба города (если у вас сил много). Мы Самарканд за 1 день обошли. Для Бухары понадобилось два дня. Хотя и её тоже можно за один день пройти, если не ездить к загородной архитектуре

Однозначно в Бухару

Если вы будете в июле, то однозначно Самарканд. В Бухаре вы и метра не пройдете в силу погодных условий. Самарканд немного прохладнее Ташкента.