Подскажите пожалуйста. Приехал гражданин РФ в Казахстан, уведомление о его прибытие было отправлено, то есть временная регистрация имеется.

гражданам РФ можно сразу делать уведомление на 90 дней

Так и пусть находиться 90 дней. Еще раз оформите уведомление о пребытии на оставшиеся 60 дней. И гостите спокойно

До 90 дней может спокойно жить. Ни ему ни Вам ничего регистрировать не надо. Раньше - да, был такой рубеж 30 дней, но его давно уже нет.