А бронь автобусов в Токио делается за день до поездки, во время путешествия? Из города в пригород и т.д. На каком-то сайте или приходить за день до поездку на станцию и там покупается билет?

можно на сайте willer сразу купить с иностранной картой, или забронировать за день-два и оплатить билет в конбини налом. Это если межгород. А пригород по идее часто ходят, можно на месте, но смотря куда конечно.