Есть у кого-то инструкция, что где куда уже в самом посольстве Японии в Москве. или кто-то может просто так написать.

Стоите в очереди на вход. Ближе к 9:30 у первых стоявших сотрудник полиции будет собирать внутренние паспорта на проверку, отдаст обратно. Далее окошко с дядечкой. Ему надо показать первую страничку анкеты с фото и засунуть паспорт в лоток для проверки. Далее проходите через железные ворота, когда загорится зеленый фонарик, заходите в зону осмотра сумок на ленте. Далее идете прямо и в здание посольства, в правую дверь. Там берете талончик, нажимая на жёлтую кнопку сверху (если туризм). Ждёте, когда ваш номерок засветится в нужном окне (документы советую разложить дома и сразу вклеить фото, так быстрее и без нервов). Подходите к нужному окну, засовываете в лоток пакет документов с загранпаспортом. Вам скажут пройти в комнату ожидания бланка. Это справа комната, на ней написано "Комната для получения талона/бланка". Там ждете и слушаете внимательно свою фамилию. Забираете талон с датой и временем забора паспорта, ну и все)