Подскажите, пожалуйста, пересадка 3,5 часа в новом аэропорту Стамбула нормально? Можно успеть все? И надо ли заново регистрироваться если билет единый? Как обычно происходит процедура вся, ни разу не летали с пересадкой.

При едином билете они сами багаж перетащат. 3.5 более чем достаточно

Всё успеет, устанет ждать ещё за эти 3,5 часа. Посадочные при регистрации на оба рейса сразу оформите. За неделю до полёта у Pegasus регистрация

Как всегда : если первый рейс опоздает не сильно , то времени достаточно.

Про регистрацию и посадочные вам уже рассказали.