Кто нибудь может подсказать если гражданину РФ купить машину в РК на Российских номерах, какие могут быть сложности при перегоне в Россию?

Никаких,главное у собственника покупать

По идеи никаких, тем более если машина находиться менее года в РК. Если более то лучше пусть её вывезут за пределы страны, а потом уже покупайте. Через госуслуги ДКП авто заключите с цифровыми подписями. Это вас немного обезопасит.