Подскажите, карта виза казахская действует на территории Малайзии?

Действует.

Более того в некоторых местах (типа автобусов в Джохор Бару) только ей и можно платить. (Не именно казахской, но визой.)

Если вы про карту банка Каспи, то я про неё же, да.