А может ли как-то негативно сказаться, что я влетаю в Сеул из России, а дальше хочу полететь в Японию?

Конечный билет должен быть в страну гражданства

не должно, главное, что у вас куплены билеты

много раз так летала, но иногда действительно спрашивают билет в страну гражданства.