Подаюсь на визу Греции. Была испанская виза ( в другом паспорте) , по ней в первый раз въехала въехала в Италию. То есть нарушение визового режима.

Ничем вам это не грозит, никакое это не нарушение. Если бы было нарушение, вас бы не пустили в Италию. Это может в самом крайнем случае только если вы в Испанию будете подаваться, как- то повлиять на сроки выдачи визы. И то не факт. Въезд или не въезд в Испанию будет интересовать только Испанию. А в необходимых документах для Греции написано, что из старого аннулированного паспорта предоставить копии прошлых виз шенгенских за последние 3 годы, греческих виз за любые годы и штампы въезда по этим греческим визам.