Я так поняла что нужно анкету на сайте консульства Литвы заполнить, а УПД ж-д придет на почту, распечатать его и отдать пограничникам?

Вы можете заполнить анкету на сайте, тогда вам чуть ли не а последний момент придёт на почту УПД-ЖД, скорее всего вы его и не успеете распечатать, но он в любом случае будет у проводника. Отдаёте анкету ему-получаете документ. Эту же анкету вы можете заполнить и в поезде, алгоритм будет тот же

Главное, чтобы у вас на билете в месте где вы его купили, был статус визы одобрено или подтверждено. Если есть возможность анкету заполнить и распечатать, то хорошо, если нет, то не страшно - заполните в поезде от руки.

УПД-ЖД может прийти на почту, а может и не прийти, всякое бывает. Но это не страшно - ваш бланк УПД-ЖД выдаст вам под роспись проводник в поезде, они у них есть на каждого пассажира, которому она одобрена