Подскажите, пожалуйста, будут ли проблемы, если: я заехал в Сербию и жил тут по одному паспорту, внж оформлен на него. А выехать в отпуск и заехать обратно хочу щас по другому паспорту, где нет отметок, что я въезжал в Сербию?

По закону вы должны выезжать по тому же паспорту, что въехали, кроме частных случаев. По факту могут забить, но лучше уже в нейтралке поменять паспорта

Мы несколько дней назад ехали из Сербии в Венгрию. У моего сына похожая ситуация: он живет в Сербии по одному паспорту, ВНЖ на нем же, а виза была в другом паспорте. Так пограничник сам взял новый паспорт с визой, еще без всяких других штампов, и поставил в него штамп о выезде. Так что, наверное, и у Вас не должно быть проблем. Если что-то спросят, просто объясните ситуацию.