Подскажите, пожалуйста, с учетом сезона дождей, на какой остров Филиппин лучше в конце сентября ехать? Почти всю Азию объехали, а на Филиппины никак не доберемся.

на Висайских (центральных) островах сентябрь = ещё хорошо. Не так хорошо как в марте-апреле, но в целом хорошо. )

Я бы порекомендовал Минданао, рядом с городом Давао есть остров Самал. Там есть много красивых мест и пляжей, а сезона дождей, ярко выраженного, нет практически.