Я правильно понимаю, что при подаче на визу Португалии в консульство/визовый центр все требуемые документы сначала апостилируются, а потом на апостилированный документ делается нотариально заверенный перевод?

Все верно. Насколько я помню, сам апостиль тоже переводится.

Точно апостилированы должны быть справки о несудимости, все свидетельства (о рождении, браке и тп) дипломы (если нужны при подаче), если трудовые договоры или чеки, акты, то их не апостилируют, просто нотариально заверенный перевод