Подскажите дорогу Барнаул -Усть кокса через Шебалино, какой хороший маршрут? у самой не получается, только через Чергу выдает

Все верно

А Чуйский тракт через Чергу идет, а дальше Шебалино, после спуска с Семинского перевала по указателю направо в Усть-Коксу через Усть-Кан

Чуйский тракт идет через Шебалино. Там нет поворота на Усть-Коксу. Вы едете по Чуйскому тракту дальше, до Нефтебазы. Там поворот на Усть-Кан и Усть-Коксу. Там есть указатели.