Кто имеет опыт подачи документов на визу в Японию, подскажите, если на работе дают справку с места работы, но там не указывается доход(для дохода всегда брал 2-ндфл), как поступать в такой ситуации?

в требованиях четко указано, что в справке должен быть указан доход. Не понятно, почему на вашей работе такую не дают. Если вам принципиально такую отказываются давать - звоните в консульство того города, где собираетесь подаваться и спрашивайте.

брать и то и то