Скажите пожалуйста, кто ездил , получил визу в японию , при вьезде ставят еще какие то штампы или отметки ?

Конечно, отметку с датой въезда и требуемой в соответствии с вашей визой датой выезде

Штамп на въезд и выезд (прибыл,убыл), рядом с вашей визой на соседней странице ещё наклейку 3 сантиметра прикрепит обязательно таможня, мол, вот ваш срок нахождения такой-то в Японии (срок как в визе естественно будет. Смысл этой наклейки непонятен, только паспорт засоряют.).