Я гражданин РФ, с ВНЖ в Казахстане. Ко мне в гости прилетает гражданин РФ. Насколько обязательным является уведомление о пребывании иностранца?

Главное что бы он/она не сдали где былы в действительности.

Вопрос здесь в том, что Вы, как я понимаю, собственником жилья не являетесь. Стало быть зарегистрировать гостя не можете. Если есть быстрая связь и хорошие отношения с хозяином квартиры - попросите его/её. В конце-концов в маловероятном случае залёта именно хозяину платить штраф. Гостиница не выручит в том плане, что за неё надо платить. т.е. снять номер, чтобы они сделали регистрацию.