Впервые взяли билеты Air Serbia сразу туда-обратно. Не успеваем на первый рейс. В колл центре сказали, что в таком случае обратный билет сгорает автоматически. Неужели это правда так, или мы не так поняли

Да

Если билеты туда и обратно куплены одним заказом то при невылете туда - обратные или пересадочные сгорают

Правда, если билеты куплены одним бронированием и еще и невозвратные, сгорает вся цепочка. Плюс вина ваша, а не авиакомпании. Плюс вы уведомили а/к, что не летите, не за 24 ч, а когда опаздывали.