Делаю визу во Францию. Подскажите пожалуйста, а если пересадка в стамбуле почти два дня, нужна бронь отеля на это время?

лучше попроще рейс подобрать. в принципе - не нужен отель, им это не интересно за пределами шенгена

В маршрутный лист надёжнее всего самый простой вариант передвижения вписать.

А после получения визы по факту лететь уже как хочется

Ну вам она желательна, но в маршрутный лист вписывать не надо.