Подскажите, если останутся деньги чуть больше нормы, заберут ли их в аэропорту Японии?

В худшем случае да. По крайней мере надо быть готовым.

Но вообще маловероятно.

у 90% людей не спрашивают, у 90% от оставшихся людей - просто спрашивают и верят наслово