У ребенка не стоит отметка о гражданстве в свидетельстве о рождении. Загранпаспорта тоже нет. Подскажите, будут ли проблемы при пересечении границы?

Загранпаспорт не смотрят и не спрашивали. Смотрят свидетельство о рождении и паспорта РФ с вписанными детьми, подтверждающие родство. Отметку не смотрели.

Будет зависеть от пограничника, который будет на посту проверять документы. Были случаи, что разворачивали без этих отметок.

Если едете на поезде, то не высадят

Предсказать невозможно. Зависит от конкретного КПП и человеческого фактора сотрудника. У нас последние несколько раз эти отметки никто даже и не смотрел